Egy DNS-szekvencia komplementere és reverz komplementere eltérő leírás. Az A–T és C–G bázispárosítás mellett a két szál ellentétes irányát is figyelembe kell venni. A szekvenciák szokásos 5′→3′ közlési iránya miatt a másik szálat gyakran meg is kell fordítani.
Egy rövid szekvencia lépésenként
Legyen a kiinduló szál 5′-ATGCCA-3′. A vele párban álló komplementer szál ugyanebben a térbeli sorrendben 3′-TACGGT-5′. Ha ezt is 5′→3′ irányban akarod leírni, a betűk sorrendjét megfordítod: 5′-TGGCAT-3′.
A TGGCAT tehát a reverz komplementer. A TACGGT pusztán a betűnkénti komplementálás eredménye a kiinduló sorrendben. Az irányjelölések nélkül a két megadás könnyen összekeverhető.
Hogyan ellenőrizhető a művelet?
A reverz komplementer reverz komplementere visszaadja az eredeti szekvenciát. A hossznak közben változatlannak kell maradnia. Az A és T darabszáma felcserélődik, ugyanígy a C és G darabszáma is.
A GC-arány emiatt változatlan: a guanin és citozin összesített száma ugyanannyi marad. Ez hasznos második ellenőrzés, de önmagában nem bizonyítja a teljes sorrend helyességét. Több eltérő szekvenciának lehet azonos GC-aránya.
Hiányzó és különleges jelölések
A bemenetben található szóközök, sorszámok vagy ismeretlen bázisjelölések kezelését ellenőrizni kell. Az N bizonytalan bázist jelölhet; más IUPAC-jelekhez külön komplementerpárok tartoznak. Az eszköz dokumentációja döntse el, mely jeleket fogadja el, és az elutasított karaktert ne cseréld önkényesen A-ra vagy más bázisra.
A kalkulátor használatakor őrizd meg az eredeti irányt és szekvenciát. A művelet a betűsor kapcsolatát ellenőrzi; ebből önmagában nem következik biológiai funkció vagy genetikai értékelés.
Kapcsolódó DG Kalkulátor megnyitása
Forrás és módszertani háttér
A számpéldák saját szemléltető számítások.
Saját, végigvezetett számítási példa; a képlet és a modell feltételei a szövegben szerepelnek.
Háromkérdéses tudáspróba
Minden kérdésnél egy választ jelölj meg. A kiértékelés a cikk megértését ellenőrzi.
1. Mi az 5′-ATG-3′ reverz komplementere 5′→3′ alakban?
- A) GTA
- B) TAC
- C) CAT
2. Kétszer alkalmazva a reverz komplementálást mit kapunk?
- A) Az eredeti szekvenciát
- B) Mindig üres szöveget
- C) Csupa A-t
3. Melyik jellemző marad változatlan?
- A) Az első betű
- B) A hossz és a GC-arány
- C) Az A betűk száma minden esetben
Megoldások és önálló pontozás
Minden helyes válasz 1 pont. 3 pont: a három összefüggést helyesen alkalmaztad; 2 pont: nézd át a téves válaszhoz tartozó részt; 0–1 pont: számold végig újra a példát. A rövid próba kizárólag e cikk tanulságaira vonatkozik.
1. Mi az 5′-ATG-3′ reverz komplementere 5′→3′ alakban?
C) CAT – Előbb TAC a komplementer ellentétes iránnyal, megfordítva CAT.
2. Kétszer alkalmazva a reverz komplementálást mit kapunk?
A) Az eredeti szekvenciát – A komplementálás és az irányfordítás együttesen visszafordítható.
3. Melyik jellemző marad változatlan?
B) A hossz és a GC-arány – A bázispárok felcserélődnek, de a hossz és a G+C összeg megmarad.